Akcja powieści przebiega w dwóch płaszczyznach miejsca i czasu. Wątek tytułowy (miłość Małgorzaty Nikołajewny i Mistrza, autora powieści historycznej o Poncjuszu Piłacie) jest snuty i przeplatany z równoczesnym oraz równoważnym wątkiem wizyty Szatana i jego świty w Związku Radzieckim, a większość opisywanych zdarzeń ma miejsce w Moskwie lat 30. XX w. Wątek historyczny (losy Poncjusza Piłata, tytułowego bohatera powieści napisanej przez Mistrza, skupione wokół procesu i kaźni wędrownego proroka Jeszui Ha-Nocri) nawiązuje tematycznie do niektórych wątków biblijnych, ma formę apokryficznej powieści w powieści, osadzonej w Judei (głównie Jerozolima) czasu panowania cesarza Tyberiusza i przedstawianej fragmentarycznie przez różne źródła narracyjne (opowiadanie Szatana, sen Iwana Bezdomnego oraz lektura rękopisu przez Małgorzatę).